El uso de fosas sépticas están diseñadas para contener los desechos de una vivienda antes de ir al drenaje. Sólo se permite su uso en localidades rurales o urbano marginales que no cuenten con la red de alcantarillado o que éstas se encuentren alejadas de la localidad, resultando muy costosa su conexión.
Las aguas residuales que no vayan a un sistema de cloacas, con alcantarillado y posterior tratamiento municipal, deben ser tratadas en una fosa para que con el menor flujo del agua, la parte sólida se pueda depositar liberando la parte líquida. Una vez hecho eso, determinadas bacterias anaerobias (especie de gusanitos) actúan sobre la materia orgánica de las aguas residuales descomponiéndose en sus componentes inorgánicos (materia inerte), y convirtiendo parte de los sólidos en materia soluble en el agua.
Esta descomposición es importante, pues reduce la cantidad de materia orgánica, y en cerca del 40% la demanda biológica de oxígeno que se precisa para este menester, y así el agua puede devolverse a la naturaleza con menor perjuicio para ella.
